rDKitのインストールと使用方法

2024-03-07 22:24 rDKit インストール 分子データ
  1. rDKitのインストール rDKitをインストールするには、以下の手順を実行します:

a. Pythonのパッケージ管理システムであるpipを使用して、rDKitをインストールします。ターミナルまたはコマンドプロンプトを開き、次のコマンドを実行します:

pip install rdkit

b. インストールが完了すると、rDKitライブラリが使用可能になります。

  1. 分子データの読み込みと表示 rDKitを使用して、分子データを読み込み、表示する方法を以下に示します:
from rdkit import Chem
# 分子データの読み込み
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 分子の表示
print(mol)

上記のコードでは、Chem.MolFromSmiles()関数を使用して、SMILES形式の分子データを読み込んでいます。print()関数を使用することで、分子の情報を表示することができます。

  1. 化学情報の解析と操作 rDKitを使用して、分子の化学情報を解析し、操作する方法を以下に示します:
from rdkit import Chem
# 分子データの読み込み
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 分子の原子数を取得
num_atoms = mol.GetNumAtoms()
print('原子数:', num_atoms)
# 分子の化学式を取得
formula = Chem.rdMolDescriptors.CalcMolFormula(mol)
print('化学式:', formula)
# 分子の重さを計算
molecular_weight = Chem.rdMolDescriptors.CalcExactMolWt(mol)
print('分子の重さ:', molecular_weight)

上記のコードでは、GetNumAtoms()関数を使用して分子の原子数を取得し、CalcMolFormula()関数を使用して化学式を計算しています。また、CalcExactMolWt()関数を使用して分子の重さを計算しています。

以上が、rDKitのインストールと基本的な使用方法の一例です。rDKitは多機能なライブラリであり、さまざまな分子データの操作や解析が可能です。詳細な情報や他の機能については、rDKitの公式ドキュメントを参照してください。