Cellposeをターミナルで使用する方法

1. Pythonのインストール: CellposeはPythonで動作しますので、まずPythonをインストールしてください。公式のPythonウェブサイト (https://www.python.org) から最新バージョンのPythonをダウンロードしてインストールします。

2. Cellposeのインストール: ターミナルを開き、以下のコマンドを入力してCellposeをインストールします。

pip install cellpose

3. 依存パッケージのインストール: Cellposeにはいくつかの依存パッケージが必要です。以下のコマンドを使用して、必要なパッケージをインストールします。

pip install numpy scipy torch torchvision

4. ターミナルでCellposeを使用する: インストールが完了したら、ターミナルで以下のようにCellposeを使用することができます。

cellpose --dir <画像ディレクトリパス> --pretrained_model cyto

上記のコマンドでは、<画像ディレクトリパス> を解析したい画像が含まれるディレクトリのパスに置き換えてください。これにより、Cellposeは指定されたディレクトリ内の画像をセグメンテーションし、結果を出力します。

Cellposeをターミナルで使用する方法について簡単な説明をしました。詳細なコマンドオプションや他の使用例については、Cellposeの公式ドキュメントを参照してください。