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データの準備: クラスタリングを行うためには、まずデータを準備する必要があります。例えば、顧客の購買履歴データや生物学的なデータなど、クラスタリングしたいデータセットを用意します。
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距離行列の計算: 階層クラスタリングでは、データ間の距離を計算する必要があります。SciPyの「scipy.spatial.distance」モジュールを使用して、データ間の距離行列を計算します。以下に例を示します:
from scipy.spatial.distance import pdist # データセットを用意する data = [[1, 2], [3, 4], [5, 6], [7, 8]] # ユークリッド距離を計算する distance_matrix = pdist(data, metric='euclidean')
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階層クラスタリングの実行: 距離行列を使用して、階層クラスタリングを実行します。SciPyの「scipy.cluster.hierarchy」モジュールの関数を使用します。以下に例を示します:
from scipy.cluster.hierarchy import linkage, dendrogram # 階層クラスタリングを実行する linkage_matrix = linkage(distance_matrix, method='average') # デンドログラムを作成する dendrogram(linkage_matrix)
上記の例では、距離行列を「average」メソッドを使用して階層クラスタリングし、結果のデンドログラムを作成しています。
以上が、PythonのSciPyライブラリを使用して階層クラスタリングを行う基本的な手順です。この手法を用いることで、データの構造を把握し、クラスタごとの特徴を明確にすることができます。是非、ご活用ください。